|
Question |
Answer |
What does the Bioanalyzer trace look like for this library? What does the Bioanalyzer trace look like for this library — any adapter dimer peaks? start learning
|
|
Jak wygląda profil z Bioanalyzera dla tej biblioteki? Jak wygląda profil z Bioanalyzera dla tej biblioteki — są jakieś piki adapter dimer?
|
|
|
We always quantify libraries by qPCR before pooling, not just by Qubit. We always quantify libraries by qPCR before pooling, not just by Qubit, since it reflects amplifiable molecules only. start learning
|
|
Zawsze kwantyfikujemy biblioteki metodą qPCR przed poolowaniem, nie tylko Qubitem. Zawsze kwantyfikujemy biblioteki metodą qPCR przed poolowaniem, nie tylko Qubitem, ponieważ odzwierciedla tylko cząsteczki zdolne do amplifikacji.
|
|
|
Is there any sign of adapter dimer in this library prep? Is there any sign of adapter dimer in this library prep? It usually shows up as a peak around 120 base pairs. start learning
|
|
Czy widać jakieś oznaki adapter dimer w tym library prep? Czy widać jakieś oznaki adapter dimer w tym library prep? Zwykle objawia się to pikiem w okolicach 120 par zasad.
|
|
|
What cluster density are you typically running on this flow cell? What cluster density are you typically running on this flow cell? Overclustering can hurt your Q30 scores. start learning
|
|
Jaką gęstość klastrów zazwyczaj uzyskujecie na tym flow cellu? Jaką gęstość klastrów zazwyczaj uzyskujecie na tym flow cellu? Zbyt wysoka gęstość może pogorszyć wyniki Q30.
|
|
|
Our Q30 scores have been consistently above ninety percent on this instrument. Our Q30 scores have been consistently above ninety percent on this instrument, which is well within spec. start learning
|
|
Nasze wyniki Q30 są konsekwentnie powyżej dziewięćdziesięciu procent na tym urządzeniu. Nasze wyniki Q30 są konsekwentnie powyżej dziewięćdziesięciu procent na tym urządzeniu, co mieści się dobrze w specyfikacji.
|
|
|
Have you seen any index hopping issues with this multiplexed run? Have you seen any index hopping issues with this multiplexed run? Unique dual indexes usually solve that. start learning
|
|
Czy zaobserwowaliście jakieś problemy z index hopping w tym multipleksowanym runie? Czy zaobserwowaliście jakieś problemy z index hopping w tym multipleksowanym runie? Unikalne podwójne indeksy zwykle to rozwiązują.
|
|
|
We recommend unique dual indexes to avoid sample misassignment. We recommend unique dual indexes to avoid sample misassignment, especially in large multiplexed pools. start learning
|
|
Zalecamy unikalne podwójne indeksy, żeby uniknąć błędnego przypisania próbek. Zalecamy unikalne podwójne indeksy, żeby uniknąć błędnego przypisania próbek, zwłaszcza w dużych pulach multipleksowych.
|
|
|
Let's add a small percentage of PhiX spike-in to help with cluster calling. Let's add a small percentage of PhiX spike-in to help with cluster calling, especially for low-diversity libraries. start learning
|
|
Dodajmy niewielki procent PhiX spike-in, żeby wspomóc cluster calling. Dodajmy niewielki procent PhiX spike-in, żeby wspomóc cluster calling, zwłaszcza dla bibliotek o niskiej różnorodności.
|
|
|
How many samples failed QC in this batch, and for what reason? How many samples failed QC in this batch, and for what reason — low concentration, or poor fragment size? start learning
|
|
Ile próbek nie przeszło QC w tej partii i z jakiego powodu? Ile próbek nie przeszło QC w tej partii i z jakiego powodu — niskie stężenie, czy zły rozmiar fragmentów?
|
|
|
This flow cell shows lower than expected cluster passing filter percentage. This flow cell shows lower than expected cluster passing filter percentage — might be worth checking the loading concentration. start learning
|
|
Ten flow cell wykazuje niższy niż oczekiwano procent klastrów przechodzących filtr. Ten flow cell wykazuje niższy niż oczekiwano procent klastrów przechodzących filtr — warto sprawdzić stężenie ładowania.
|
|
|
Would you like us to re-run the QC if the first result looks borderline? Would you like us to re-run the QC if the first result looks borderline, just to be sure before we proceed? start learning
|
|
Czy chcecie, żebyśmy powtórzyli QC, jeśli pierwszy wynik będzie na granicy? Czy chcecie, żebyśmy powtórzyli QC, jeśli pierwszy wynik będzie na granicy, żeby mieć pewność przed dalszymi krokami?
|
|
|
The insert size distribution looks a bit narrow — was there a size-selection step? The insert size distribution looks a bit narrow — was there a size-selection step during library prep? start learning
|
|
Rozkład rozmiaru wstawki wygląda dość wąski — czy był krok selekcji rozmiaru? Rozkład rozmiaru wstawki wygląda dość wąski — czy był krok selekcji rozmiaru podczas library prep?
|
|
|
What percentage of reads are we seeing align to the reference genome? What percentage of reads are we seeing align to the reference genome? Anything below ninety percent needs investigating. start learning
|
|
Jaki procent odczytów wyrównuje się do genomu referencyjnego? Jaki procent odczytów wyrównuje się do genomu referencyjnego? Wszystko poniżej dziewięćdziesięciu procent wymaga sprawdzenia.
|
|
|
Duplication rate on this library is a bit high — might be worth checking the input amount. Duplication rate on this library is a bit high — might be worth checking the input amount used in prep. start learning
|
|
Poziom duplikacji w tej bibliotece jest dość wysoki — warto sprawdzić ilość wejściową. Poziom duplikacji w tej bibliotece jest dość wysoki — warto sprawdzić ilość wejściową użytą w preparacie.
|
|
|
Let's check the molarity before we finalise the pooling ratios. Let's check the molarity before we finalise the pooling ratios, so each sample gets even representation. start learning
|
|
Sprawdźmy molarność, zanim sfinalizujemy proporcje poolowania. Sprawdźmy molarność, zanim sfinalizujemy proporcje poolowania, żeby każda próbka miała równą reprezentację.
|
|
|
What's your acceptance criteria for library concentration before sequencing? What's your acceptance criteria for library concentration before sequencing — do you have a minimum threshold? start learning
|
|
Jakie są wasze kryteria akceptacji stężenia biblioteki przed sekwencjonowaniem? Jakie są wasze kryteria akceptacji stężenia biblioteki przed sekwencjonowaniem — macie jakiś minimalny próg?
|
|
|
We flagged this sample for low complexity — it might need a repeat extraction. We flagged this sample for low complexity — it might need a repeat extraction before we proceed further. start learning
|
|
Oznaczyliśmy tę próbkę jako niskiej złożoności — może wymagać powtórnej ekstrakcji. Oznaczyliśmy tę próbkę jako niskiej złożoności — może wymagać powtórnej ekstrakcji przed dalszymi krokami.
|
|
|
How does the coverage uniformity look across the target regions? How does the coverage uniformity look across the target regions? Any noticeable drop-offs? start learning
|
|
Jak wygląda jednorodność pokrycia w regionach docelowych? Jak wygląda jednorodność pokrycia w regionach docelowych? Są jakieś zauważalne spadki?
|
|
|
Let's double-check the phred quality scores before we release the data. Let's double-check the phred quality scores before we release the data to the client. start learning
|
|
Sprawdźmy jeszcze raz wyniki jakości phred, zanim udostępnimy dane. Sprawdźmy jeszcze raz wyniki jakości phred, zanim udostępnimy dane klientowi.
|
|
|
What's an acceptable percentage of undetermined reads for you on this run? What's an acceptable percentage of undetermined reads for you on this run — under one percent is typical. start learning
|
|
Jaki procent nieokreślonych odczytów jest dla was akceptowalny w tym runie? Jaki procent nieokreślonych odczytów jest dla was akceptowalny w tym runie — typowo poniżej jednego procenta.
|
|
|
This sample shows signs of RNA contamination in a DNA prep — worth a DNase treatment. This sample shows signs of RNA contamination in a DNA prep — worth a DNase treatment before quantification. start learning
|
|
Ta próbka wykazuje oznaki zanieczyszczenia RNA w preparacie DNA — warto zastosować trawienie DNazą. Ta próbka wykazuje oznaki zanieczyszczenia RNA w preparacie DNA — warto zastosować trawienie DNazą przed kwantyfikacją.
|
|
|
Would you like a full QC report alongside the raw data files? Would you like a full QC report alongside the raw data files, or just a summary? start learning
|
|
Czy chcecie pełny raport QC razem z surowymi plikami danych? Czy chcecie pełny raport QC razem z surowymi plikami danych, czy tylko podsumowanie?
|
|
|
We noticed a slight GC bias in this library — could be related to the PCR cycles used. We noticed a slight GC bias in this library — could be related to the PCR cycles used during amplification. start learning
|
|
Zauważyliśmy lekkie obciążenie GC w tej bibliotece — może być związane z liczbą cykli PCR. Zauważyliśmy lekkie obciążenie GC w tej bibliotece — może być związane z liczbą cykli PCR użytych podczas amplifikacji.
|
|
|
Let's verify the sample sheet before we load the flow cell. Let's verify the sample sheet before we load the flow cell — one wrong index can ruin the whole run. start learning
|
|
Zweryfikujmy arkusz próbek, zanim załadujemy flow cell. Zweryfikujmy arkusz próbek, zanim załadujemy flow cell — jeden błędny indeks może zepsuć cały run.
|
|
|
What's causing the drop in quality scores towards the end of the read? What's causing the drop in quality scores towards the end of the read? That's fairly typical for longer read lengths. start learning
|
|
Co powoduje spadek wyników jakości pod koniec odczytu? Co powoduje spadek wyników jakości pod koniec odczytu? To dość typowe dla dłuższych odczytów.
|
|
|
We'll rerun the library prep if the QC numbers don't meet spec. We'll rerun the library prep if the QC numbers don't meet spec, at no extra cost to you. start learning
|
|
Powtórzymy library prep, jeśli wyniki QC nie spełnią specyfikacji. Powtórzymy library prep, jeśli wyniki QC nie spełnią specyfikacji, bez dodatkowych kosztów dla was.
|
|
|
The fragment analyzer shows a clean, tight peak — this library looks great. The fragment analyzer shows a clean, tight peak — this library looks great and is ready for pooling. start learning
|
|
Fragment Analyzer pokazuje czysty, wąski pik — ta biblioteka wygląda świetnie. Fragment Analyzer pokazuje czysty, wąski pik — ta biblioteka wygląda świetnie i jest gotowa do poolowania.
|
|
|
We'll need to dilute this library before running it on the Bioanalyzer. We'll need to dilute this library before running it on the Bioanalyzer — the concentration is too high to read accurately. start learning
|
|
Będziemy musieli rozcieńczyć tę bibliotekę, zanim uruchomimy ją na Bioanalyzerze. Będziemy musieli rozcieńczyć tę bibliotekę, zanim uruchomimy ją na Bioanalyzerze — stężenie jest zbyt wysokie, żeby odczytać dokładnie.
|
|
|
Let's make sure the negative control came back clean before trusting these results. Let's make sure the negative control came back clean before trusting these results — any contamination there is a red flag. start learning
|
|
Upewnijmy się, że kontrola negatywna wyszła czysto, zanim zaufamy tym wynikom. Upewnijmy się, że kontrola negatywna wyszła czysto, zanim zaufamy tym wynikom — jakiekolwiek zanieczyszczenie tam to sygnał ostrzegawczy.
|
|
|
Would you like us to include a positive control in this run as well? Would you like us to include a positive control in this run as well, to validate the whole workflow? start learning
|
|
Czy chcecie, żebyśmy dołączyli również kontrolę pozytywną do tego runu? Czy chcecie, żebyśmy dołączyli również kontrolę pozytywną do tego runu, żeby zweryfikować cały przebieg pracy?
|
|
|
This run met all of our internal QC thresholds — we're good to proceed with analysis. This run met all of our internal QC thresholds — we're good to proceed with analysis and reporting. start learning
|
|
Ten run spełnił wszystkie nasze wewnętrzne progi QC — możemy przejść do analizy. Ten run spełnił wszystkie nasze wewnętrzne progi QC — możemy przejść do analizy i raportowania.
|
|
|
Let's set a clear QC checkpoint before we invest in sequencing the full cohort. Let's set a clear QC checkpoint before we invest in sequencing the full cohort, to avoid wasting flow cell capacity. start learning
|
|
Ustalmy jasny punkt kontrolny QC, zanim zainwestujemy w sekwencjonowanie pełnej kohorty. Ustalmy jasny punkt kontrolny QC, zanim zainwestujemy w sekwencjonowanie pełnej kohorty, żeby nie marnować pojemności flow cell.
|
|
|
How reproducible are these QC results across replicate measurements? How reproducible are these QC results across replicate measurements? We usually run each sample in duplicate. start learning
|
|
Jak powtarzalne są te wyniki QC w powtórzonych pomiarach? Jak powtarzalne są te wyniki QC w powtórzonych pomiarach? Zazwyczaj uruchamiamy każdą próbkę w duplikacie.
|
|
|
We're seeing a bit of cross-talk between the dye channels on this run. We're seeing a bit of cross-talk between the dye channels on this run — might need a recalibration. start learning
|
|
Widzimy pewne przenikanie sygnału między kanałami barwników w tym runie. Widzimy pewne przenikanie sygnału między kanałami barwników w tym runie — może być potrzebna rekalibracja.
|
|
|
Once QC is signed off, we'll release the data through BaseSpace within 24 hours. Once QC is signed off, we'll release the data through BaseSpace within 24 hours, along with the summary report. start learning
|
|
Gdy tylko QC zostanie zatwierdzone, udostępnimy dane przez BaseSpace w ciągu 24 godzin. Gdy tylko QC zostanie zatwierdzone, udostępnimy dane przez BaseSpace w ciągu 24 godzin, razem z raportem podsumowującym.
|
|
|
