|
Question |
Answer |
What's the RIN value on this RNA sample? What's the RIN value on this RNA sample? Below 6 might affect the library quality. start learning
|
|
Jaka jest wartość RIN dla tej próbki RNA? Jaka jest wartość RIN dla tej próbki RNA? Wartość poniżej 6 może wpłynąć na jakość biblioteki.
|
|
|
Would you prefer poly-A selection or ribosomal RNA depletion for this library? Would you prefer poly-A selection or ribosomal RNA depletion for this library — it depends on your RNA quality. start learning
|
|
Wolisz selekcję poly-A czy usuwanie rybosomalnego RNA dla tej biblioteki? Wolisz selekcję poly-A czy usuwanie rybosomalnego RNA dla tej biblioteki — zależy to od jakości waszego RNA.
|
|
|
Degraded RNA samples usually do better with a depletion-based protocol. Degraded RNA samples usually do better with a depletion-based protocol rather than poly-A selection. start learning
|
|
Zdegradowane próbki RNA zazwyczaj lepiej sprawdzają się z protokołem opartym na depletion. Zdegradowane próbki RNA zazwyczaj lepiej sprawdzają się z protokołem opartym na depletion niż z selekcją poly-A.
|
|
|
We'll need to run a DNase treatment step to remove genomic DNA contamination. We'll need to run a DNase treatment step to remove genomic DNA contamination before library prep. start learning
|
|
Będziemy musieli wykonać krok trawienia DNazą, żeby usunąć zanieczyszczenie DNA genomowym. Będziemy musieli wykonać krok trawienia DNazą, żeby usunąć zanieczyszczenie DNA genomowym przed library prep.
|
|
|
How was the RNA extracted — TRIzol, or a column-based kit? How was the RNA extracted — TRIzol, or a column-based kit? It affects the yield and purity. start learning
|
|
Jak wyekstrahowano RNA — TRIzolem, czy zestawem kolumnowym? Jak wyekstrahowano RNA — TRIzolem, czy zestawem kolumnowym? Wpływa to na wydajność i czystość.
|
|
|
RNA is a lot more fragile than DNA — handle it on ice at all times. RNA is a lot more fragile than DNA — handle it on ice at all times to avoid degradation. start learning
|
|
RNA jest znacznie bardziej delikatne niż DNA — zawsze pracuj na lodzie. RNA jest znacznie bardziej delikatne niż DNA — zawsze pracuj na lodzie, żeby uniknąć degradacji.
|
|
|
What's your total RNA input for this RNA-Seq library? What's your total RNA input for this RNA-Seq library — we typically recommend at least 100 nanograms. start learning
|
|
Jaka jest wasza ilość wejściowa całkowitego RNA do tej biblioteki RNA-Seq? Jaka jest wasza ilość wejściowa całkowitego RNA do tej biblioteki RNA-Seq — zazwyczaj zalecamy co najmniej 100 nanogramów.
|
|
|
Are you looking for stranded or non-stranded library prep? Are you looking for stranded or non-stranded library prep? Stranded gives you directionality information. start learning
|
|
Szukacie protokołu library prep ze strand-specyficznością czy bez? Szukacie protokołu library prep ze strand-specyficznością czy bez? Wersja stranded daje informację o kierunkowości.
|
|
|
We recommend including spike-in controls for accurate normalisation. We recommend including spike-in controls for accurate normalisation, especially with low-input samples. start learning
|
|
Zalecamy dołączenie kontroli spike-in dla dokładnej normalizacji. Zalecamy dołączenie kontroli spike-in dla dokładnej normalizacji, zwłaszcza przy próbkach o niskim wejściu.
|
|
|
FFPE-derived RNA tends to be more fragmented, so we adjust the protocol accordingly. FFPE-derived RNA tends to be more fragmented, so we adjust the protocol accordingly, often using a depletion-based kit. start learning
|
|
RNA pochodzące z FFPE zwykle jest bardziej pofragmentowane, więc dostosowujemy protokół. RNA pochodzące z FFPE zwykle jest bardziej pofragmentowane, więc dostosowujemy protokół, często stosując zestaw oparty na depletion.
|
|
|
Let's check the 28S/18S ribosomal RNA ratio before proceeding. Let's check the 28S/18S ribosomal RNA ratio before proceeding — it's a good indicator of intact RNA. start learning
|
|
Sprawdźmy stosunek rybosomalnego RNA 28S/18S przed kontynuacją. Sprawdźmy stosunek rybosomalnego RNA 28S/18S przed kontynuacją — to dobry wskaźnik nienaruszonego RNA.
|
|
|
How long ago was this RNA extracted, and how has it been stored since? How long ago was this RNA extracted, and how has it been stored since? RNA degrades quickly at room temperature. start learning
|
|
Jak dawno temu wyekstrahowano to RNA i jak było przechowywane od tego czasu? Jak dawno temu wyekstrahowano to RNA i jak było przechowywane od tego czasu? RNA szybko degraduje w temperaturze pokojowej.
|
|
|
We typically see better results with fresh tissue rather than blood for RNA extraction. We typically see better results with fresh tissue rather than blood for RNA extraction, given RNase activity in blood. start learning
|
|
Zazwyczaj obserwujemy lepsze wyniki dla świeżej tkanki niż dla krwi przy ekstrakcji RNA. Zazwyczaj obserwujemy lepsze wyniki dla świeżej tkanki niż dla krwi przy ekstrakcji RNA, ze względu na aktywność RNaz we krwi.
|
|
|
This library shows unusually high rRNA content — the depletion may not have worked well. This library shows unusually high rRNA content — the depletion may not have worked well on this sample. start learning
|
|
Ta biblioteka wykazuje niezwykle wysoką zawartość rRNA — depletion mógł nie zadziałać dobrze. Ta biblioteka wykazuje niezwykle wysoką zawartość rRNA — depletion mógł nie zadziałać dobrze na tej próbce.
|
|
|
Would you like us to include a quality check before we proceed with sequencing? Would you like us to include a quality check before we proceed with sequencing, just to confirm the RIN? start learning
|
|
Czy chcielibyście, żebyśmy wykonali kontrolę jakości przed przejściem do sekwencjonowania? Czy chcielibyście, żebyśmy wykonali kontrolę jakości przed przejściem do sekwencjonowania, żeby potwierdzić RIN?
|
|
|
Blood collected in PAXgene tubes stabilises RNA for longer transport times. Blood collected in PAXgene tubes stabilises RNA for longer transport times, which is useful for multi-site studies. start learning
|
|
Krew pobrana do probówek PAXgene stabilizuje RNA na dłuższy czas transportu. Krew pobrana do probówek PAXgene stabilizuje RNA na dłuższy czas transportu, co jest przydatne w badaniach wieloośrodkowych.
|
|
|
How many reads per sample are you aiming for on this RNA-Seq project? How many reads per sample are you aiming for on this RNA-Seq project — twenty million, or deeper? start learning
|
|
Ile odczytów na próbkę planujecie w tym projekcie RNA-Seq? Ile odczytów na próbkę planujecie w tym projekcie RNA-Seq — dwadzieścia milionów, czy więcej?
|
|
|
Differential gene expression analysis will need biological replicates, ideally three per group. Differential gene expression analysis will need biological replicates, ideally three per group, for statistical power. start learning
|
|
Analiza różnicowej ekspresji genów będzie wymagała replik biologicznych, najlepiej trzech na grupę. Analiza różnicowej ekspresji genów będzie wymagała replik biologicznych, najlepiej trzech na grupę, dla mocy statystycznej.
|
|
|
This sample has a lot of genomic DNA contamination showing up in the RNA prep. This sample has a lot of genomic DNA contamination showing up in the RNA prep — we'd recommend an extra DNase step. start learning
|
|
Ta próbka ma dużo zanieczyszczenia DNA genomowym widocznego w preparacie RNA. Ta próbka ma dużo zanieczyszczenia DNA genomowym widocznego w preparacie RNA — zalecamy dodatkowy krok z DNazą.
|
|
|
We can offer a small RNA-Seq protocol if you're specifically interested in microRNAs. We can offer a small RNA-Seq protocol if you're specifically interested in microRNAs and other short non-coding RNAs. start learning
|
|
Możemy zaproponować protokół small RNA-Seq, jeśli interesują was konkretnie mikroRNA. Możemy zaproponować protokół small RNA-Seq, jeśli interesują was konkretnie mikroRNA i inne krótkie niekodujące RNA.
|
|
|
What's the average fragment size you're seeing after the RNA fragmentation step? What's the average fragment size you're seeing after the RNA fragmentation step — around 200 base pairs? start learning
|
|
Jaki jest średni rozmiar fragmentów po kroku fragmentacji RNA? Jaki jest średni rozmiar fragmentów po kroku fragmentacji RNA — około 200 par zasad?
|
|
|
Would total RNA sequencing work better for you than mRNA-only sequencing? Would total RNA sequencing work better for you than mRNA-only sequencing, given you're also interested in non-coding transcripts? start learning
|
|
Czy sekwencjonowanie całkowitego RNA sprawdziłoby się u was lepiej niż sekwencjonowanie tylko mRNA? Czy sekwencjonowanie całkowitego RNA sprawdziłoby się u was lepiej niż sekwencjonowanie tylko mRNA, skoro interesują was też transkrypty niekodujące?
|
|
|
We suggest a minimum of ten nanograms of input for the low-input RNA-Seq kit. We suggest a minimum of ten nanograms of input for the low-input RNA-Seq kit, though more gives better results. start learning
|
|
Sugerujemy minimum dziesięć nanogramów wejścia dla zestawu RNA-Seq o niskim wejściu. Sugerujemy minimum dziesięć nanogramów wejścia dla zestawu RNA-Seq o niskim wejściu, choć więcej daje lepsze wyniki.
|
|
|
How stable is this RNA sample going to be during shipping? How stable is this RNA sample going to be during shipping? We'd recommend dry ice for anything over 24 hours. start learning
|
|
Jak stabilna będzie ta próbka RNA podczas wysyłki? Jak stabilna będzie ta próbka RNA podczas wysyłki? Zalecamy suchy lód dla transportu dłuższego niż 24 godziny.
|
|
|
Let's confirm whether you need paired-end or single-end sequencing for this project. Let's confirm whether you need paired-end or single-end sequencing for this project — it affects downstream analysis options. start learning
|
|
Potwierdźmy, czy potrzebujecie sekwencjonowania paired-end czy single-end w tym projekcie. Potwierdźmy, czy potrzebujecie sekwencjonowania paired-end czy single-end w tym projekcie — wpływa to na możliwości dalszej analizy.
|
|
|
This RNA has a strong 3' bias — that usually points to some degradation. This RNA has a strong 3' bias — that usually points to some degradation before library prep. start learning
|
|
To RNA wykazuje silne obciążenie 3' — zwykle wskazuje to na pewną degradację. To RNA wykazuje silne obciążenie 3' — zwykle wskazuje to na pewną degradację przed library prep.
|
|
|
Can you confirm the species so we select the correct reference genome? Can you confirm the species so we select the correct reference genome for the alignment? start learning
|
|
Czy możecie potwierdzić gatunek, żebyśmy wybrali właściwy genom referencyjny? Czy możecie potwierdzić gatunek, żebyśmy wybrali właściwy genom referencyjny do wyrównania?
|
|
|
We'll flag any samples that fail our minimum RIN threshold before proceeding. We'll flag any samples that fail our minimum RIN threshold before proceeding with library prep. start learning
|
|
Oznaczymy wszystkie próbki, które nie spełnią naszego minimalnego progu RIN, zanim przejdziemy dalej. Oznaczymy wszystkie próbki, które nie spełnią naszego minimalnego progu RIN, zanim przejdziemy do library prep.
|
|
|
Would it help to run a pilot batch first before committing to the full cohort? Would it help to run a pilot batch first before committing to the full cohort, just to validate the protocol? start learning
|
|
Czy pomogłoby wykonanie pilotażowej partii, zanim zaangażujecie się w pełną kohortę? Czy pomogłoby wykonanie pilotażowej partii, zanim zaangażujecie się w pełną kohortę, żeby zweryfikować protokół?
|
|
|
Once the RNA passes QC, we'll move straight into library construction. Once the RNA passes QC, we'll move straight into library construction and keep you updated on progress. start learning
|
|
Gdy tylko RNA przejdzie kontrolę jakości, przejdziemy prosto do konstrukcji biblioteki. Gdy tylko RNA przejdzie kontrolę jakości, przejdziemy prosto do konstrukcji biblioteki i będziemy informować o postępach.
|
|
|
